非法经营员工工资算赃款。司法机关应对赃款予以查封、扣押、冻结，人民法院作出的判决生效以后，司法机关对查封、扣押、冻结的赃款赃物及其孳息，除依法返还被害人的以外，一律上缴国库。
《刑事诉讼法》第二百四十五条第一款
公安机关、人民检察院和人民法院对查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人、被告人的财物及其孳息，应当妥善保管，以供核查，并制作清单，随案移送。任何单位和个人不得挪用或者自行处理。对被害人的合法财产，应当及时返还。对违禁品或者不宜长期保存的物品，应当依照国家有关规定处理。
第四款
人民法院作出的判决生效以后，有关机关应当根据判决对查封、扣押、冻结的财物及其孳息进行处理。对查封、扣押、冻结的赃款赃物及其孳息，除依法返还被害人的以外，一律上缴国库。
如果不知情的员工工资收入是合法的。一般通过违法经营所得的叫违法所得(如无照、不正当竞争、商标侵权、销售假冒伪劣商品等）。但国家工作人员违法收入叫非法所得。没收违法所得，是指行政机关或司法机关依法将违法行为人取得的违法所得财物，运用国家法律法规赋予的强制措施，对其违法所得财物的所有权予以强制性剥夺的处罚方式。第三百九十五条非法所得(根据刑法修正案七第14条修正)国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令该国家工作人员说明来源，不能说明来源的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。国家工作人员在境外的存款，应当依照国家规定申报。数额较大、隐瞒不报的，处二年以下有期徒刑或者拘役；情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。
单位非法吸收公众存款，员工是否退还工资还看具体案情。
根据所负职责一般可将涉案嫌疑人分为四类：
①公司高层，往往潜伏幕后指挥犯罪，实际控制公司运营；
②中层管理人员，管理一定数量的业务员，统筹、指导并参与具体工作，就所在部门有较大管理权限；
③底层业务员，直接与出资群众接触，宣传公司业务，吸存资金；
④辅助人员，包括收取资金开具收据及维护办公设备等后勤人员。
从故意犯罪理论考察，前三类人员系直接故意，积极希望犯罪结果的发生。
非法吸收公众存款罪属于金融诈骗类犯罪，是以揽存资金进行信贷为目的，主观上并不具有非法占有目的，行为人是不具有吸收存款资格的自然人和单位，且面向社会不特定对象吸收资金，如向亲友或者单位内部人员吸收资金的，不属于向社会公众吸收存款。
行为人在吸收资金时，还是怀有还本付息的意图的。行为方式同时满足司法解释第一条四项条件，才属于非法吸收公众存款罪。
《最高人民法院关于审理非法集资刑事案件具体应用法律若干问题的解释》
第一条 违反国家金融管理法律规定，向社会公众（包括单位和个人）吸收资金的行为，同时具备下列四个条件的，除刑法另有规定的以外，应当认定为刑法第一百七十六条规定的“非法吸收公众存款或者变相吸收公众存款”：
（一）未经有关部门依法批准或者借用合法经营的形式吸收资金；
（二）通过媒体、推介会、传单、手机短信等途径向社会公开宣传；
（三）承诺在一定期限内以货币、实物、股权等方式还本付息或者给付回报；
（四）向社会公众即社会不特定对象吸收资金。
未向社会公开宣传，在亲友或者单位内部针对特定对象吸收资金的，不属于非法吸收或者变相吸收公众存款。
参考资料：百度百科——非法吸收公众存款罪
看是否是直接责任人或者单位主管，如果是操作工，对此毫不知情的，没有罪，不是违法所得。相关的法律规定：
《刑法》第二百二十五条【非法经营罪】违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；”。
（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；
（三）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
2、单位犯本罪的，对单位判处罚金、对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依本条规定追究刑事责任。
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