公司与公司合同纠纷发生后应该采取协商、调解、仲裁、诉讼方式处理。当事人自愿的，可以依法进行协商和调解；协商或者调解不成，合同中约定了仲裁条款或当事人事后达成仲裁协议的，可以申请仲裁；符合法定条件的，可以向人民法院起诉。
《民事诉讼法》第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
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