厂房违法建筑可以向所在地的城乡规划主管部门或者乡、镇人民政府投诉进行投诉。根据法律规定，违章建筑由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，并处临时建设工程造价一倍以下的罚款。
《中华人民共和国城乡规划法》第六十六条建设单位或者个人有下列行为之一的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款：
（一）未经批准进行临时建设的；
（二）未按照批准内容进行临时建设的；
（三）临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的。
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