公司合并后营业执照的处理方式有：
1、因合并而解散的公司，应当申请注销登记，营业执照须注销；
2、因合并而存续的公司，其登记事项发生变化的，应当申请变更登记，换发营业执照。
《中华人民共和国公司登记管理条例》第三十八条因合并、分立而存续的公司，其登记事项发生变化的，应当申请变更登记；因合并、分立而解散的公司，应当申请注销登记；因合并、分立而新设立的公司，应当申请设立登记。公司合并、分立的，应当自公告之日起45日后申请登记，提交合并协议和合并、分立决议或者决定以及公司在报纸上登载公司合并、分立公告的有关证明和债务清偿或者债务担保情况的说明。法律、行政法规或者国务院决定规定公司合并、分立必须报经批准的，还应当提交有关批准文件。
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