税务机关合法征税的方式有：
1、依法进行税款征收活动，征收税款时，必须给纳税人开具完税凭证；
2、纳税人在限期内已缴纳税款的，税务机关应当立即解除税收保全措施；
3、税务机关采取税收保全措施和强制执行措施必须依照法定权限和法定程序。
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十八条税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
《中华人民共和国税收征收管理法》第三十四条税务机关征收税款时，必须给纳税人开具完税凭证。扣缴义务人代扣、代收税款时，纳税人要求扣缴义务人开具代扣、代收税款凭证的，扣缴义务人应当开具。
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