自然人独资公司转让股权流程是：
1、股东按照公司章程和法律规定签订股权转让协议；
2、公司注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书；
3、修改公司章程和股东名册，办理变更登记。
《《中华人民共和国公司法》》第七十三条依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。
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