公司转让中的债权债务纠纷，按转让协议进行处理。一般情况下，转让协议只在出让人和受让人之间有效。如公司转让已经通过公司债务人的，对公司债务人有效。公司转让经公司债权人同意的，对公司债权人有效。
《公司法》第一百七十三条
公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
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