公司之间的借款协议中是能够设定担保条款的。担保合同既可以是单独订立的书面合同，也可以是主债权债务合同中的担保条款。因此公司之间可以协商在借款协议中订立担保条款。
《中华人民共和国民法典》第六百六十八条借款合同应当采用书面形式，但是自然人之间借款另有约定的除外。
借款合同的内容一般包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。
《中华人民共和国民法典》第六百八十五条保证合同可以是单独订立的书面合同，也可以是主债权债务合同中的保证条款。
第三人单方以书面形式向债权人作出保证，债权人接收且未提出异议的，保证合同成立。
《中华人民共和国民法典》第六百八十六条保证的方式包括一般保证和连带责任保证。
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