工程认定挂靠后，工程款处理方式如下：
1、建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人；
2、建设工程经验收不合格的，修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；
3、修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
《民法典》第七百九十三条
建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：
（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；
（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。
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