发票联和抵扣联由购方保管，其中发票联是购方用于做帐务凭证用的，抵扣联是购方用来认证并留存备查用的。增值税一般纳税人应当按会计档案要求进行保管，随时接受税务机关查询及检查。抵扣联需按月装订成册保管，不能认证的先找出原因，是税务局技术问题可到办税大厅手工认证；是按税法规定不能抵扣的则按办理进项转出。
《上海市税务局关于增值税专用发票抵扣联的管理办法》第七条
妥善保管增值税专用发票《抵扣联》，要求增值税一般纳税人按会计档案要求进行保管，随时接受税务机关查询及检查，税务机关要将纳税人报送的增值税专用发票抵扣联汇总明细表归进户管资料。
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