存疑不起诉，可以申请国家赔偿。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件，而作出的不起诉决定，这种情况下属于对没有犯罪事实的人采取了拘留、逮捕等强制措施，侵害了公民的人身自由权利，国家应给予适当赔偿。
《国家赔偿法》第十七条行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
（一）违反刑事诉讼法的规定对公民采取拘留措施的，或者依照刑事诉讼法规定的条件和程序对公民采取拘留措施，但是拘留时间超过刑事诉讼法规定的时限，其后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
（二）对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
（三）依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的；
（四）刑讯逼供或者以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的；
（五）违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。
存疑不起诉能申请国家赔偿。“存疑不起诉”也有叫“疑罪不诉”的，所谓存疑不起诉形似中止，实为终止或称终结的决定。检察机关对犯罪嫌疑人作出存疑不起诉决定，是因为认定犯罪嫌疑人犯罪的证据不足。人民法院作出的无罪判决也是对检察机关错误批准逮捕犯罪嫌疑人的依法确认。因此，检察机关对无犯罪事实的人批准逮捕羁押，请求人有权获得国家赔偿的权利。
《中华人民共和国国家赔偿法》
第十七条
行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
违反刑事诉讼法的规定对公民采取拘留措施的，或者依照刑事诉讼法规定的条件和程序对公民采取拘留措施，但是拘留时间超过刑事诉讼法规定的时限，其后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的；
刑讯逼供或者以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的；
违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。
根据修订后的《国家赔偿法》第17条第(2)项规定，这种因证据不足决定不起诉案件，属于对公民采取逮捕措施后，决定不起诉终止追究刑事责任的情形，国家应当给予赔偿。 1．检察机关作出的存疑不起诉的决定，实质上是对犯罪嫌疑人进行刑事侦查，无法证明犯罪嫌疑人有犯罪事实而作出的最终确认。 2．作出存疑不起诉决定，是没有证据证明嫌疑人有犯罪事实而作出的无罪结论。 3．从法律意义上来讲不能证明有罪或者没有充分证据证明有罪，不符合起诉条件的，不能认为有罪，就是无罪。无罪就应当赔偿。 4．《国家赔偿法》规定的免责情形与存疑不起诉的情形，两者不能相提并论。存疑是指未查清事实，缺少证据；而免责情情形的前提是事实清楚，证据确实，只是由于情节轻微、危害不大，所以才不认为是犯罪，这种情形是不需要国家赔偿的。 从根本上讲，虽然证据不足不等于没有犯罪事实，但根据无罪推定原则，无法提起公诉的，只能认定是无罪。既然是无罪，那就必须国家赔偿。
存疑不起诉可以申请国家赔偿，申请国家赔偿的程序为：
1、向赔偿义务机关提出赔偿要求；
2、赔偿机关逾期不予赔偿或赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可自期间届满之日起三十日内向其上一级机关申请复议。
《国家赔偿法》第二十三条
赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。赔偿义务机关作出赔偿决定，应当充分听取赔偿请求人的意见，并可以与赔偿请求人就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额依照本法第四章的规定进行协商。
赔偿义务机关决定赔偿的，应当制作赔偿决定书，并自作出决定之日起十日内送达赔偿请求人。
赔偿义务机关决定不予赔偿的，应当自作出决定之日起十日内书面通知赔偿请求人，并说明不予赔偿的理由。
如果因事实不清证据不足，检察院作出不起诉决定后如何启动国家赔偿程序？
“事实不清，证据不足”而不起诉，是法定不起诉的情节，检察院既然因为这个决定不起诉，也就是经过了两次退侦而没有查清事实的，根据法律规定而作出的不起诉决定。
对于检察院的不起诉决定有三种：法定不起诉、酌情不起诉和存疑不起诉。其中法定不起诉和存疑不起诉这两种是可以申请国家赔偿的。而酌情不起诉是因为“情况轻微，社会危害小”而作出的一种人权保护决定，从字面都可以理解，属于“可怜”的结果。法定不起诉是在法律层面，没有达到法律起诉的标准，可以说根本不够成犯罪了。而存疑不起诉，基本上就是“是不是这个人干的都说不清楚”，还很有可能不是这个人干的。
三种不起诉情节中只有酌情不起诉是不能申请国家赔偿的。
申请国家赔偿是必须要被采取了强制措施，也就是你必须要被关押过。没有被关押，是不能申请国家赔偿的。承担国家赔偿的义务机关是作出了错误决定的机关，比如你的案件如果是经过检察院批捕的，那么就是检察院捕错了，赔偿机关就是检察院。如果是公安机关直诉案件，那就是公安机关。
国家赔偿的程序：
1、提交资料A.身份证明、申请书，如果有律师代理的，还需要律师资格证明、律所的函、委托书。如果是法定代理人代理的，需要有关系证明，如果请求人活着，要写委托书，如果死了要提供关系证明文件。B.如果经法院判决无罪的，要求有法院的判决书，公安机关的释放证明C.其他证据材料
2、程序：把材料提交给负责赔偿的义务机关，义务机关会审查材料，如果不符合受理条件，应当告之申请人。如果符合受理条件应当受理，也应当告知申请人。召开相关的内部讨论会议，有的还需要召开听证会等，形成机关内部赔偿决定，并要送达给申请人。
对于国家赔偿来说，现在国家越来越重视，特别是最高检对国家赔偿有了更明确的指示精神，由以前的能不赔就不赔转变成现在的“应赔尽赔”，这是司法制度的一大进步，在保护人权上有了更明确的体现。
首先更正一点：并不是检察院做出不起诉决定就一定能申请国家赔偿。因为我们国家的《国家赔偿法》确定的赔偿原则是，对被错误羁押的经济损失的补偿，而不是对错误追诉名誉损失的赔偿。换句话说就是，只有被错误羁押了，才有可能申请国家赔偿。
因证据不足检察院不起诉
检察院审查起诉后作出不起诉决定，分三种情形：绝对不起诉、相对不起诉、存疑不起诉。其中法定不起诉和存疑不起诉这两种是可以申请国家赔偿的。而酌情不起诉是因为“情况轻微，社会危害小”而作出的一种人权保护决定，从字面都可以理解，属于“可怜”的结果。法定不起诉是在法律层面，没有达到法律起诉的标准，可以说根本不够成犯罪了。而存疑不起诉，基本上就是“是不是这个人干的都说不清楚”，还很有可能不是这个人干的。
首先，是需要确定赔偿机关有违法侵害权利人人身财产权利的行为。对于检察院作出不起诉决定的，《不起诉决定书》（相对不起诉除外）就是确定违法的有效证明文件和申请国家赔偿的依据。其次，要确定具体的赔偿义务机关。所谓的不起诉，并不等于无罪释放。因为免于起诉的前提是：当事人有罪，但因为情节轻微等特殊情况，因此免于追究其刑事责任。而无罪释放，本来就没有罪，本来就应该释放的。
国家赔偿程序启动都需要什么？
个人直有个人证据，而没有对方犯罪现场证据，查到乙方犯罪目击证人，再找到刑案元凶主犯，就能定罪判刑，当事人最清楚真相，证据不足，官司并没有失败，主犯被抓，案件真相就不言自明二甲方证据不足，可以申请立案调查。或申请国家赔偿。
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