公司合并股东权益尤其是中小股东的权益很容易遭到侵害。公司合并过程中公司的所有者和经营者两者分离导致的股东和董事之间的利益冲突，股东凭借控股比例分红、表决导致的大股东和小股东之间的利益冲突使得股东权益处于不利地位。
《中华人民共和国公司法》第一百七十三条公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
《中华人民共和国公司法》第一百七十四条公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
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