小股东保护自己的权益的办法是，如果公司或者公司的董监高人员侵害其股东权利的，小股东可以向法院起诉来维权。另外如果公司经营管理发生严重困难，可能会损害股东利益的，小股东可以联合起来请求司法解散公司。
《中华人民共和国公司法》第三十三条股东可以要求查阅公司会计账簿。股东要求查阅公司会计账簿的，应当向公司提出书面请求，说明目的。公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅，并应当自股东提出书面请求之日起十五日内书面答复股东并说明理由。公司拒绝提供查阅的，股东可以请求人民法院要求公司提供查阅。
《中华人民共和国公司法》第一百五十二条董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼。
《中华人民共和国公司法》第一百八十二条公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。
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