破产债权确认纠纷应该由受理破产申请的人民法院管辖。如果债权人和破产债务人对债权债务纠纷约定了仲裁，那么当管理人对该债权不予确认登记时，债权人就应当向仲裁委提出债权确认申请，受理破产的法院没有管辖权。实践中，破产案件一般由中级人民法院受理。受理破产申请的中级法院，可以将本应由自己审理的案件，报请高级人民法院批准，交由基层人民法院审理。破产债权确认纠纷拟确认的债权，如果属于海事纠纷、专利纠纷、证券市场因虚假陈述引发的民事赔偿纠纷等须专门管辖的案件，则此类案件可以由上级人民法院指定一家有权管辖此种专业案件的法院，集中审理类似案件。
《中华人民共和国企业破产法》第二十一条人民法院受理破产申请后，有关债务人的民事诉讼，只能向受理破产申请的人民法院提起。
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