企业债权债务的清理方式是：
1、重新审核签订偿还协议，并按协议约定清缴欠款。
2、债权清缴与财政扶持和抹帐等相结合、实施综合清欠。
3、鼓励企业发展，对成长性较强的生产型企业欠款，采取债权转股权或债权转投资。
4、规范债权转让方式，债权转让必须依法签订协议，办理公证。
5、明确分工。清欠目标分解到部门，落实到个人，并配套相应的激励措施。
《中华人民共和国合同法》第一百七十四条公司合并债权债务的承继
公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
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