小产权房拆除补偿依据宅基地使用权证和国土部门测绘数据计算。被拆迁人可以通过专业的估价生成有据可循的补偿金额或者按照类似房地产的市场价格对被征收房屋进行货币补偿，可以选择以异地或原地再建的房屋和被拆除房屋进行产权交换。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十一条被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
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