公司股东要撤资，只能是资产溢价，处理方法如下：如果是减资，首先减少实收资本，如果有资本公积-资本溢价，那么剩余部分先冲减原始资本溢价部分，如果还不足弥补，按顺序冲减盈余公积-法定盈余公积、任意盈余公积、未分配利润。
《公司法》第一百八十六条
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。 公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。 清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。
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