违法建筑房屋租赁合同纠纷处理如下：出租人就未经批准或者未按照批准内容建设的违法建筑与承租人订立的租赁合同无效，房屋应当予以返还，同时酌情赔偿对方由此所受到的损失；不影响其他部分效力的仍然有效，应当认可之前的履行。
《中华人民共和国民法典》第一百五十六条民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
《中华人民共和国民法典》第一百五十七条民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。
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