股权转让时需要办理变更和新设登记的公司自有房产需要缴纳契税，企业土地、房屋未发生权属转移的不需要缴纳契税，实行申报管理制度的契税纳税人应在土地、房屋权属转移合同生效的10日内向征收机关提出减免申报。
《中华人民共和国契税暂行条例》第六条有下列情形之一的，减征或者免征契税：
（一）国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋用于办公、教学、医疗、科研和军事设施的，免征；
（二）城镇职工按规定第一次购买公有住房的，免征；
（三）因不可抗力灭失住房而重新购买住房的，酌情准予减征或者免征；
（四）财政部规定的其他减征、免征契税的项目。
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