事业单位自用地不能免税，在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的事业单位，属于城镇土地使用税的纳税人。土地使用税以土地使用证确认的面积为计税依据，自取得土地使用权开始分期缴纳，每年缴纳一次。
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第二条在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税（以下简称土地使用税）的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳土地使用税。前款所称单位，包括国有企业、集体企业、私营企业、股份制企业、外商投资企业、外国企业以及其他企业和事业单位、社会团体、国家机关、军队以及其他单位；所称个人，包括个体工商户以及其他个人。
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第八条土地使用税按年计算、分期缴纳。缴纳期限由省、自治区、直辖市人民政府确定。
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第九条新征用的土地，依照下列规定缴纳土地使用税：
（一）征用的耕地，自批准征用之日起满1年时开始缴纳土地使用税；
（二）征用的非耕地，自批准征用次月起缴纳土地使用税。
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