行为人若有毁坏水利设施的行为，我国人民法院应当对其按照故意毁坏财物罪的规定处以相应的刑事处罚。《刑法》规定，故意毁坏公私财物，数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。
《中华人民共和国刑法》第二百七十五条故意毁坏公私财物，数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。
毁坏水利设施的量刑要看情节。 金额已经达到了 故意毁坏财物罪 的定罪标准，将会处 三年以下有期徒刑 、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。 不构成刑事犯罪的，则属于治安案件，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。
恶意破坏水利工程处罚如下：
1、处三年以上七年以下有期徒刑；造成严重后果的，处七年以上有期徒刑；
2、所谓严重后果，不限于致人重伤、死亡或者便公私财产遭受重大损失；
有下列行为之一的，处十日以上十五日以下拘留：
1、盗窃、损毁油气管道设施、电力电信设施、广播电视设施、水利防汛工程设施或者水文监测、测量、气象测报、环境监测、地质监测、地震监测等公共设施的；
2、移动、损毁国家边境的界碑、界桩以及其他边境标志、边境设施或者领土、领海标志设施的；
3、非法进行影响边界线走向的活动或者修建有碍国、边境管理的设施的。
《中华人民共和国刑法》
第一百二十四条
【破坏广播电视设施、公用电信设施罪】破坏广播电视设施、公用电信设施，危害公共安全的，处三年以上七年以下有期徒刑；造成严重后果的，处七年以上有期徒刑。
【过失损坏广播电视设施、公用电信设施罪】过失犯前款罪的，处三年以上七年以下有期徒刑；情节较轻的，处三年以下有期徒刑或者拘役。
我国公安机关对于破坏水利设施的相关案件进行刑事立案的标准为：造成公私财物损失五千元以上的；或者毁坏公私财物三次以上的；以及纠集三人以上公然毁坏公私财物的等。
《中华人民共和国刑法》第三条
法律明文规定为犯罪行为的，依照法律定罪处刑；法律没有明文规定为犯罪行为的，不得定罪处刑。
第五条
刑罚的轻重，应当与犯罪分子所犯罪行和承担的刑事责任相适应。
第二百七十五条
故意毁坏公私财物，数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑。
根据《水法》第七十二条规定：
有下列行为之一，构成犯罪的，依照刑法的有关规定追究刑事责任；尚不够刑事处罚，且防洪法未作规定的，由县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构依据职权，责令停止违法行为，采取补救措施，处一万元以上五万元以下的罚款；违反治安管理处罚条例的，由公安机关依法给予治安管理处罚；给他人造成损失的，依法承担赔偿责任：
(一)侵占、毁坏水工程及堤防、护岸等有关设施，毁坏防汛、水文监测、水文地质监测设施的。
你提供的本案例： 破坏农业水利设施90米。应由县水利局责令停止违法行为，采取补救措施，处一万元以上五万元以下的罚款；如有违反治安管理处罚条例的，由公安机关依法给予治安管理处罚。
可以向公安部门、检察院、水利及农林局告诉。
破坏农田水利设施应负什么责任？
《国务院办公厅转发水利电力部关于加强农田水利设施管理工作报告的通知》第五条：
五、加强法制，严禁破坏水利工程设施。
（一）要通过各种方式，大力宣传保护农田水利设施的重要性，使广大干部、群众自觉维护农田水利设施。
（二）司法、公安部门对非法侵占、破坏和盗窃水利设施的，要认真查处，情节严重构成犯罪的，应依法惩办。
（三）对当前水利设施破坏严重的地区，建议由省或县以政府名义发出布告，明令禁止，并选择一些大案、要案，依法惩处，以刹住破坏水利设施的歪风。
（四）各地可根据需要，经省级人民政府批准，在大型水利工程设立公安机构，其人员编制和经费由水利部门调剂解决，公安业务受当地公安机关领导。
（五）今后新建各项基本建设，凡是有损已建水利工程设施和效益的，应事先与水利工程管理单位协商，并负责赔偿损失。
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