非法运输烟草的行为人若情节严重的可以按照非法经营罪的规定处以相应的刑事处罚。《刑法》规定，违反国家规定，有非法经营行为，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。
《中华人民共和国刑法》第二百二十五条违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；
（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；
（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；
（四）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
非法运输烟草涉嫌非法经营罪，但是，一般情况下，对于非法运输烟草的处罚，是没收非法运输烟草违法所得，并处罚款。如果没有相关许可证且涉案金额达到20万以上就可能会被判处五年以上有期徒刑或拘役，并处1到5倍的罚金。根据《烟草专卖实施条例》规定，无准运证或者超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，利用伪装非法运输烟草专卖品的，没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。根据《刑法》规定，违反国家规定，有买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件等非法经营行为，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
法律分析：非法运输烟草处罚标准是：
1、无准运证或者超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，伪装非法运输烟草专卖品的，没收非法运输烟草专卖品和违法所得；
2、违反国家规定，有销售进出口许可证、进出口原产地证明等法律、行政法规规定的营业执照或者批准文件，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；
3、情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
法律依据：《中华人民共和国刑法》 第二百二十五条违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产： (一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的(四)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
非法运输烟草涉嫌非法经营罪，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
《中华人民共和国刑法》第二百二十五条违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：
（一）未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；
（二）买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；
（三）未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；
（四）其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
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