挪用公款案件的司法程序首先应当进行案件的侦查，再由检察院对犯罪嫌疑人提起公诉进行审判。《刑法》规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，处三年以下有期徒刑或者拘役。
《中华人民共和国刑法》第二百七十二条公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑；数额特别巨大的，处七年以上有期徒刑。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十四条的规定定罪处罚。
有第一款行为，在提起公诉前将挪用的资金退还的，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，可以减轻或者免除处罚。
犯本罪的，处 三年以下有期徒刑 或者拘役挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。值得注意的是，在司法实践中，如果行为人在挪用本单位资金后，确属犯罪故意发生转变，不再想退还，而是企图永久非法占为己有，在客观上有能力退还而不退还的，因为属于刑法中的转化犯，仍应根据处理转化犯的原则，直接以 职务侵占罪 定罪处罚，不以本罪论处。在对 挪用资金罪 进行认定的时候，除了可以从犯罪构成入手分析，看具体的行为是否都满足犯罪构成的全部内容外，同时还可以对比一下挪用资金罪与一些相似犯罪，如 挪用公款罪 、 挪用特定款物罪 。我国《刑法》对挪用资金罪如何处罚这个问题作出了详细的解答，不过在实际量刑处罚的时候，还要考虑到具体的犯罪情节才行。
法律分析：归还、自首属于量刑情节，不影响案件定性。国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
法律依据：《中华人民共和国刑法》 第三百八十四条 国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。
根据贪污贿赂刑事案件最新司法解释，挪用公款罪有以下量刑标准：
1、挪用公款归个人使用，进行非法活动，数额在三万元以上的，处五年以下有期徒刑或者拘役数额在三百万元以上的，属于数额巨大，不退还的处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。具有以下情形之一的，属于情节严重，处五年以上有期徒刑：挪用公款数额在一百万元以上的挪用救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济特定款物，数额在五十万元以上不满一百万元的挪用公款不退还，数额在五十万元以上不满一百万元的。
2、挪用公款归个人使用，进行营利活动或者超过三个月未还，数额在五万元以上的，处五年以下有期徒刑或者拘役数额在五百万元以上的，不退还的处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。具有以下情形之一的，处五年以上有期徒刑：挪用公款数额在二百万元以上的挪用救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济特定款物，数额在一百万元以上不满二百万元的挪用公款不退还，数额在一百万元以上不满二百万元的。
法律依据
《最高人民法院最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》第五条 挪用公款归个人使用，进行非法活动，数额在三万元以上的，应当依照刑法第三百八十四条的规定以挪用公款罪追究刑事责任；数额在三百万元以上的，应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“数额巨大”。具有下列情形之一的，应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“情节严重”:
(一)挪用公款数额在一百万元以上的；
(二)挪用救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济特定款物，数额在五十万元以上不满一百万元的；
(三)挪用公款不退还，数额在五十万元以上不满一百万元的；
(四)其他严重的情节。
《最高人民法院最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》第六条 挪用公款归个人使用，进行营利活动或者超过三个月未还，数额在五万元以上的，应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“数额较大”；数额在五百万元以上的，应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“数额巨大”。具有下列情形之一的，应当认定为刑法第三百八十四条第一款规定的“情节严重”:
(一)挪用公款数额在二百万元以上的；
(二)挪用救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济特定款物，数额在一百万元以上不满二百万元的；
(三)挪用公款不退还，数额在一百万元以上不满二百万元的；
(四)其他严重的情节。
一、两种不同性质的挪用资金
（一）、构成犯罪挪用资金
刑法对挪用资金做了相应的规定。刑法第272条第1款规定公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
该行为对社会危害较大，由国家公权力机关依刑事诉讼法走法律程序。
该行为的追责人通常是国家，是国家对犯罪行为的惩罚，被害人表示谅解，不影响国家对其刑事责任的追究。
（二）、违法违纪挪用资金
民法也对挪用资金做了一定的规定。公司法明文规定董事、高级管理人员不得挪用公司资金。
有些部门法中虽未明文规定不得挪用资金，例如《合伙企业法》，但挪用资金属于侵权行为，虽未构成犯罪，给被侵权人带来损失的，也需要承担相应责任，比如赔偿损失，该种行为称之为违法违纪挪用资金。
违法违纪挪用资金，一般由被侵权人依民事诉讼法走法律程序，被侵权人也可以予以谅解，不予追究。
二、刑事责任追究的法律程序
（一）、立案阶段
侦查机关可能是基于有关单位或个人报案、控告、举报以及犯罪嫌疑人自首等原因而介入，进行初步的调查后，如果认为存在犯罪事实并应该对犯罪人追究刑事责任，则予以立案，从而启动刑事诉讼程序。
挪用资金的犯罪主体为非国家工作人员，国家工作人员挪用资金属于挪用公款。所以该侦查机关是公安机关，而非检察机关。
（二）、侦查阶段
立案后，侦查的目的一是找到犯罪嫌疑人，另一个是收集能够证明犯罪事实的证据。
侦查期间，为防止犯罪嫌疑人阻碍刑事诉讼正常进行，如防止犯罪嫌疑人串供、毁灭证据、逃跑、自杀等情形，可以采取强度不同的强制措施，常见有拘留、监视居住、取保候审、逮捕（检察机关批准）等。
为查明事实和收集证据，公安机关有权采取讯问犯罪嫌疑人，询问证人，进行勘验、检查、搜查，扣押物证、书证和组织鉴定等措施。
犯罪嫌疑人自被侦查机关第一次讯问或者采取强制措施之日起，可以聘请律师为其提供法律帮助、代理申诉、控告，申请变更强制措施；向侦查机关了解犯罪嫌疑人涉嫌的罪名和案件有关情况，提出意见。
经一系列侦查活动，侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应撤消案件，立即释放犯罪嫌疑人。
认为案件事实已经查清，证据充分，犯罪性质和罪名认定正确，依法应当追究犯罪嫌疑人刑事责任的，侦查机关应将《起诉意见书》、案卷材料、证据移送检察机关审查决定。
（三）、审查起诉阶段
检察机关接到案件材料后，案件进入到审查起诉阶段，犯罪嫌疑人有权委托辩护人。
在审查起诉阶段，检察机关会对《起诉意见书》以及全部案卷材料和证据进行审查，应当讯问犯罪嫌疑人，听取被害人的意见，听取犯罪嫌疑人、被害人委托代理人的意见，调查核实证据。
检察机关认为案件事实不清，证据不足，需要对案件作进一步侦查时，可以决定退回侦查机关补充侦查。
检察机关认为案件事实已查清，证据确实、充分的前提下依法应当追究犯罪嫌疑人刑事责任的，向人民法院提起公诉。
检察机关认为依法不应追究刑事责任，或者依法不需要判处刑罚、可以免除处罚的，或者补充侦查的案件证据仍然不足的决定不予起诉。
（四）、审判阶段
法院在收到检察机关移送起诉的案件后，进入审判阶段。被告人有权委托辩护人。
1、一审
法庭审理后，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
（1）、案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，作出有罪判决
（2）、依据法律认定被告人无罪的，作出无罪判决
（3）、证据不足，不能认定被告人有罪的，作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
判决后，如果被告人和检察机关不提出上诉或抗诉，则该判决在10日后生效并交付执行。
被告人如果对判决不服，可以提出上诉，检察机关不服判决可以提起抗诉。
2、二审
二审法院受理上诉或抗诉案件，经过审理后，根据不同情况会作出以下三种判决：
（1）、原判决认定事实和适用法律正确、量刑适当的，应当裁定驳回上诉或者抗诉，维持原判；
（2）、原判决认定事实没有错误，但适用法律有错误，或者量刑不当的，应当改判；
（3） 原判决事实不清楚或者证据不足的，可以在查清事实后改判；也可以裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。
发回重审后，对一审法院判决结果不服的，被告和检察机关仍可提起上诉和抗诉。
二审法院作出的判决是终审判决，一般情况下，刑事诉讼程序到此终结。
3、再审阶段
二审判决作出后，当事人及其法定代理人、近亲属如有异议，可以依法申诉，但申诉并不必然启动再审程序。
当事人及其法定代理人、近亲属的申诉符合下列情形之一的，人民法院应当重新审判：
（1）、有新的证据证明原判决、裁定认定的事实确有错误，可能影响定罪量刑的；
（2）、据以定罪量刑的证据不确实、不充分、依法应当予以排除，或者证明案件事实的主要证据之间存在矛盾的；
（3）、原判决、裁定适用法律确有错误的；
（4）、 违反法律规定的诉讼程序，可能影响公正审判的；
（5）、审判人员在审理该案件的时候，有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁判行为的。
（五）、执行阶段
执行则指刑事执行机关为了实施已经发生法律效力的判决和裁定所确定的内容而进行的活动，在我国，刑事处罚执行的主体主要是人民法院、公安机关和监狱等。
三、民事责任追究的法律程序
违法违纪挪用资金的被侵权人有权追究侵权人的责任，向人民法院提起民事诉讼，分为一审程序、二审程序和再审程序。
（一）、一审
1、起诉
被侵权人将起诉状、证据等材料向有管辖权的法院提起诉讼，并缴纳诉讼费，被侵权人申请对财产和证据保全的还需缴纳保全费和保证金。被侵权人成为案件的原告。
实践中，证据材料提交的越少越好，能立案就可以，使对手摸不清楚思路。
2、送达
法院立案后，需将起诉状副本送达给被告，送达的方式有多种，法院穷尽送达方式均无法送达时，可以公告送达，采用公告送达的，原告需缴纳公告费。
3、答辩
被告在收到起诉状副本之日起15日内提出答辩状。被告提出答辩状的，法院应将答辩状副本发送原告。被告不提出答辩状的，不影响法院审理。
实践中，答辩的都是不专业人士，答辩就意味着将自己的思路告诉对方，给对手准备期，不答辩在庭审中可以打对手个措手不及。
4、开庭审理
（1）法庭调查
法庭调查按照下列程序进行：
(1)当事人陈述(2)告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言(3)出示书证、物证和视听资料和电子数据(4)宣读鉴定意见(5)宣读勘验笔录。
（2）法庭辩论
法庭辩论，是当事人及其诉讼代理人在法庭上行使辩论权，针对有争议的事实和法律问题进行辩论的程序。法庭辩论的目的，是通过当事人及其诉讼代理人的辩论，对有争议的问题逐一进行审查和核实，借此查明案件的真实情况和正确适用法律。
（3）法庭笔录
书记员应当将法庭审理的全部活动记录，由审判人员和书记员签名，法庭笔录由当事人和其他诉讼参与人签名。
（4）判决
法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解。
（二）、二审
二审程序，又称上诉程序或终审程序，原告和被告不服一审判决或裁定，在法定上诉期间内，向上一级法院提起上诉而引起的诉讼程序。
我国实行两审终审制，上诉案件经二审法院审理后作出的判决、裁定为终审的判决、裁定，诉讼程序即告终结。
1、上诉
当事人提起上诉，应当递交上诉状。上诉状应当通过原审法院提出，并按照对方当事人的人数提出副本。
2、二审审理
第二审法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
(1)原判决、裁定认定事实清楚，适用法律正确的，以判决、裁定方式驳回上诉，维持原判决、裁定；
(2) 原判决、裁定认定事实错误或者适用法律错误的，以判决、裁定方式依法改判、撤销或者变更；
(3)原判决认定基本事实不清的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
(4)原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
对于发回原审法院重审的案件，原审法院仍将按照一审程序进行审理。因此，当事人对重审案件的判决、裁定不服的，仍然可以上诉。
（三）、执行
第二审法院作出的具有给付内容的判决，具有强制执行力。如果有履行义务的当事人拒不履行，对方当事人有权向法院申请强制执行。
（四）、再审
法院、检察院均有权对生效判决提起审判监督程序，实践中，当事人申请再审程序更具可操作性。
当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级法院申请再审，但不停止判决、裁定的执行。当事人的申请符合下列情形之一的，法院应当再审：
1、有新的证据，足以推翻原判决、裁定的；
2、原判决、裁定认定的基本事实缺乏证据证明的；
3、原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的；
4、原判决、裁定认定事实的主要证据未经质证的；
5、对审理案件需要的主要证据，当事人因客观原因不能自行收集，书面申请人民法院调查收集，人民法院未调查收集的；
6、原判决、裁定适用法律确有错误的；
7、审判组织的组成不合法或者依法应当回避的审判人员没有回避的；
8、无诉讼行为能力人未经法定代理人代为诉讼或者应当参加诉讼的当事人，因不能归责于本人或者其诉讼代理人的事由，未参加诉讼的；
9、违反法律规定，剥夺当事人辩论权利的；
10、未经传票传唤，缺席判决的；
11、原判决、裁定遗漏或者超出诉讼请求的；
12、据以作出原判决、裁定的法律文书被撤销或者变更的；
13、审判人员审理该案件时有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁判行为的。
特别提示：法律是很浩瀚的领域，司法是极其专业的活动，建议通过对本回答，了解一般诉讼的程序，做到心中有数即可，具体诉讼的时还是应该由专业的人士来具体操办。
参考资料：
高铭暄 刑法学（第五版） 高等教育出版社，2011
江伟 民事诉讼法（第五版） 高等教育出版社，2016
陈光中 刑事诉讼法（第六版） 北京大学出版社
高等教育出版社，2016
谭启平 中国民法学 2015年3月第1版
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