擅自改变房屋结构的处罚有：施工者擅自改变房屋结构的处50万元以上100万元以下的罚款，使用者擅自改变房屋结构的处5万元以上10万元以下的罚款，同时依法责令改正。
《《建设工程质量管理条例》》第六十九条违反本条例规定，涉及建筑主体或者承重结构变动的装修工程，没有设计方案擅自施工的，责令改正，处50万元以上100万元以下的罚款；房屋建筑使用者在装修过程中擅自变动房屋建筑主体和承重结构的，责令改正，处5万元以上10万元以下的罚款。
有前款所列行为，造成损失的，依法承担赔偿责任。
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