同父异母兄弟的房产纠纷首先应按平等互利、协商一致的原则加以协商解决。协商不成时，根据合同规定或者当事人之间的协议，由指定机构进行仲裁。如仍未解决，可向人民法院提起诉讼，依法保护自己的合法权益。
《仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《民事诉讼法》第一百二十二条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
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