农村宅基地纠纷调解程序的进行如下：双方当事人共同向县级以上人民政府土地管理部门提出书面申请，同时出示举证的材料和依据；工作人员进行现场调查并组织双方当事人进行调解，制作书面调解书；调解未达成一致的可以根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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