离婚农村的自建房法院不会直接判决，首先会根据当事人协商处理，协商不成的，会根据实际情况判决由当事人使用，有争议的可以对房屋的所有权另行起诉。自建房还未取得所有权证，不能确定房屋物权归属。
《中华人民共和国民法典》第一千零八十七条离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
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