房屋登记机构不予登记的情形是违反法律、行政法规规定的；存在尚未解决的权属争议的；申请登记的不动产权利超过规定期限的；法律、行政法规规定不予登记的其他情形等。
《不动产登记暂行条例》第二十二条登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：
（一）违反法律、行政法规规定的；
（二）存在尚未解决的权属争议的；
（三）申请登记的不动产权利超过规定期限的；
（四）法律、行政法规规定不予登记的其他情形。
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