注销他项权证后被房管局收回的流程是：贷款全部还清后，购房者需要携带银行开具的贷款结清证明到房管局进行变更登记，同时解除房屋抵押、撤销他项权利证，银行具有专门的机构办理注销他项权证手续。
《城市房地产抵押管理办法》第三十四条以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。
《城市房地产抵押管理办法》第三十五条抵押合同发生变更或者抵押关系终止时，抵押当事人应当在变更或者终止之日起15日内，到原登记机关办理变更或者注销抵押登记。因依法处分抵押房地产而取得土地使用权和土地建筑物、其他附着物所有权的，抵押当事人应当自处分行为生效之日起30日内，到县级以上地方人民政府房地产管理部门申请房屋所有权转移登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记。
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