车主一般不可以擅自在小货车后面加棚，法律规定任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征，如果车主要加棚，应当向登记地车辆管理所申请变更登记。
《道路交通安全法》第十六条
任何单位或者个人不得有下列行为：
（一）拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征；
（二）改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号；
（三）伪造、变造或者使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志；
（四）使用其他机动车的登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志。
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