撤诉后是不会有案底的。案底又称刑事处罚的记录，未受到刑事处罚的不会留下案底；若是存在违法犯罪行为，受过刑事处罚的，则会留有案底。如果案件被撤销，就没有案底，如果没有发现新的证据证明该案件应当追究刑事责任，检察院是不会再起诉的。
《刑事诉讼法》第一百六十三条
在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。
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