汽车非法营运的，应当由相关主管部门责令其停止经营。根据《中华人民共和国道路运输条例》规定，没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款等。
《中华人民共和国道路运输条例》第六十二条
县级以上人民政府交通运输主管部门的工作人员在实施道路运输监督检查过程中，对没有车辆营运证又无法当场提供其他有效证明的车辆予以暂扣的，应当妥善保管，不得使用，不得收取或者变相收取保管费用。
《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条
违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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