行政处罚中行政机关没收违法所得的方式为应当对当事人的财产进行清点和检查，按计算的数额对其中相应的违法所得予以没收。除金钱外的其他物品可以在依法拍卖后上缴国库。
《公安机关办理行政案件程序规定》第一百九十六条
对收缴和追缴的财物，经原决定机关负责人批准，按照下列规定分别处理：
（一）属于被侵害人或者善意第三人的合法财物，应当及时返还；
（二）没有被侵害人的，登记造册，按照规定上缴国库或者依法变卖、拍卖后，将所得款项上缴国库；
（三）违禁品、没有价值的物品，或者价值轻微，无法变卖、拍卖的物品，统一登记造册后销毁；
（四）对无法变卖或者拍卖的危险物品，由县级以上公安机关主管部门组织销毁或者交有关厂家回收。
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