三无船舶应当由地方畜牧水产局、地方海洋局海事监察大队、地方环保部查处。根据相关法律规定，三无船舶就是无船名船号、无船舶证书、无船籍港的船舶。
《中华人民共和国船舶登记条例》第二条
下列船舶应当依照本条例规定进行登记：
（一）在中华人民共和国境内有住所或者主要营业所的中国公民的船舶。
（二）依据中华人民共和国法律设立的主要营业所在中华人民共和国境内的企业法人的船舶。但是，在该法人的注册资本中有外商出资的，中方投资人的出资额不得低于50%。
（三）中华人民共和国政府公务船舶和事业法人的船舶。
（四）中华人民共和国港务监督机构认为应当登记的其他船舶。
军事船舶、渔业船舶和体育运动船艇的登记依照有关法规的规定办理。
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