如果不配合加班不可以罚款，若是劳动者不加班被扣工资，可以申请仲裁。法律规定，只有行政主体才可以对行政相对人给予罚款的行政处罚，用人单位是没有处罚权的。
《劳动法》第四十四条
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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