确认行政协议无效是没有期限限制的。但是若是属于其余的诉讼请求的，起诉期限是六个月。自知道或者应当知道作出行政行为之日起算，这是在当事人没有经过复议直接起诉的前提下。
《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
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