某企业对生态环境部作出的行政处罚决定不服的，当事人应当向生态环境部的上一级主管部门或者是该部门的本级人民政府申请行政复议。当事人可以自由选择复议机关。
《中华人民共和国行政复议法》第十二条
对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。
对海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议。
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