程序违法的案件的处理为人民法院可判决将具体行政行为撤销或者部分撤销，以及要求被告重新作出具体行政行为。因为违反法定程序作出的行政行为是无效的。
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条
行政行为有下列情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：
（一）主要证据不足的；
（二）适用法律、法规错误的；
（三）违反法定程序的；
（四）超越职权的；
（五）滥用职权的；
（六）明显不当的。
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