办理医疗机构执业许可证程序是：申请设办医疗机构单位或个人向县卫生局提交《医疗机构执业许可证》申请报告，并填写《医疗执业登记注册书》，然后提交相关材料，卫生行政部门自受理之日起45日内，进行审核。审核合格的，予以登记，发给《医疗机构执业许可证》，审核不合格的，将审核结果以书面形式通知申请人。
《医疗机构管理条例》第十八条
县级以上地方人民政府卫生行政部门自受理执业登记申请之日起45日内，根据本条例和医疗机构基本标准进行审核。审核合格的，予以登记，发给《医疗机构执业许可证》；审核不合格的，将审核结果以书面形式通知申请人。
《医疗机构管理条例》第二十条
医疗机构歇业，必须向原登记机关办理注销登记或者向原备案机关备案。经登记机关核准后，收缴《医疗机构执业许可证》。
医疗机构非因改建、扩建、迁建原因停业超过1年的，视为歇业。
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