行政机关对于当事人实施档案行政处罚的，应当遵循的原则包括：公正公开的原则、处罚法定原则等。根据我国《行政处罚法》的规定，行政处罚遵循公正、公开的原则。且设定和实施行政处罚必须以事实为依据，与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。
《《中华人民共和国行政处罚法》》第五条
行政处罚遵循公正、公开的原则。
设定和实施行政处罚必须以事实为依据，与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。
对违法行为给予行政处罚的规定必须公布；未经公布的，不得作为行政处罚的依据。
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