确认行政协议无效是否属于民事纠纷，需要从双方当事人的地位是否平等确认。若双方当事人身份地位平等，则该纠纷属于民事纠纷；若双方当事人身份地位不平等，则该纠纷属于行政纠纷。
《中华人民共和国民法典》第十条
处理民事纠纷，应当依照法律；法律没有规定的，可以适用习惯，但是不得违背公序良俗。
《中华人民共和国民法典》第十一条
其他法律对民事关系有特别规定的，依照其规定。
《中华人民共和国行政诉讼法》第二条
公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。
前款所称行政行为，包括法律、法规、规章授权的组织作出的行政行为。
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