商家配送超时有赔付。具体赔付如下：
1、如果是商家接单了，超过预计配送到达的时间还没发货，商家应当赔付；
2、如果商家及时把订单发给了配送员，由于配送员的原因导致延时就是由配送员赔付；
3、下单后，商家会承诺一个送达时间和一个折扣，从用户下单时间开始计算，如果外卖超过了承诺时间才送到，该份外卖按照折扣价收取费用。由于恶劣天气、某些美食烹调时间过长、或者其他因素，商家会选择性的延长承诺时间或者不做承诺。预订单不参与超时赔付。
《中华人民共和国民法典》第四百六十四条
合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。
《中华人民共和国民法典》第四百六十五条
依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
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