员工旷工的，公司不可以扣三倍工资来进行处罚，因为这种行为不合法，原则上应当扣除当日的工资。而且，旷工一天扣几天工资的做法，带有经济处分性质，而经济处分的本质是罚款，在现行法律中，罚款没有任何依据可循。
如果劳动者旷工没有给用人单位造成损害的，就不能被额外扣除工资。即使因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位也只能从劳动者本人的工资中扣除，并且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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