汽车非法营运的，应当由相关主管部门责令其停止经营。根据《中华人民共和国道路运输条例》规定，没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款等。
《中华人民共和国道路运输条例》第六十二条
道路运输管理机构的工作人员在实施道路运输监督检查过程中，对没有车辆营运证又无法当场提供其他有效证明的车辆予以暂扣的，应当妥善保管，不得使用，不得收取或者变相收取保管费用。
《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条
违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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