公司不能对员工进行罚款。因为罚款属于行政处罚手段之一，而公司不属于行政机关，所以公司无权对员工进行罚款。
如果公司对员工进行罚款的，员工首先要收集公司恶意罚款的证据。如果证据充足的，可以直接向公安机关劳动监察大队进行举报，由劳动监察大队责令限期支付，逾期不支付的，可以请求加付赔偿金。
《行政处罚法》第九条
行政处罚的种类：
（一）警告、通报批评；
（二）罚款、没收违法所得、没收非法财物；
（三）暂扣许可证件、降低资质等级、吊销许可证件；
（四）限制开展生产经营活动、责令停产停业、责令关闭、限制从业；
（五）行政拘留；
（六）法律、行政法规规定的其他行政处罚。
《劳动法》第七十七条
用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
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