根据相关法律规定，工商行政处罚中非法所得的计算方式有：违法生产商品的违法所得按全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算、违法销售商品的违法所得按销售收入扣除购进价款计算等。
《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》第三条
违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算。
《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》第四条
违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算。
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