道路运输许可证应当在道路运输管理机构部门办理。根据相关法律，县级以上地方人民政府交通运输主管部门负责组织领导本行政区域内的道路运输从业人员管理工作。
《中华人民共和国道路运输条例》第五条
交通运输部负责全国道路运输从业人员管理工作。
县级以上地方人民政府交通运输主管部门负责组织领导本行政区域内的道路运输从业人员管理工作，并具体负责本行政区域内道路危险货物运输从业人员的管理工作。
县级以上道路运输管理机构具体负责本行政区域内经营性道路客货运输驾驶员、机动车维修技术人员、机动车驾驶培训教练员、道路运输经理人和其他道路运输从业人员的管理工作。
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