发票金额与付款金额不一致的处理是发票金额大于实际支付金额的，按实际支付金额入账；发票金额小于实际支付金额的，需要筹齐实际支付的发票数额才能入账。
《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条
开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
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