行政公益诉讼中的被告是行政机关。根据《行政诉讼法》关于被告的规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告。两个以上行政机关作出同一行政行为的，共同作出行政行为的行政机关是共同被告。行政机关委托的组织所作的行政行为，委托的行政机关是被告。
《中华人民共和国行政复议法》第二十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告。
经复议的案件，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告；复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告。
两个以上行政机关作出同一行政行为的，共同作出行政行为的行政机关是共同被告。
行政机关委托的组织所作的行政行为，委托的行政机关是被告。
行政机关被撤销或者职权变更的，继续行使其职权的行政机关是被告。
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