行政诉讼中申请证人的费用由败诉方来承担，但是胜诉方自愿承担的，则由胜诉方承担；如果部分胜诉、部分败诉的，则由法院在裁判文书中来作出规定，由当事人各自承担一定的费用。
《诉讼费用交纳办法》第十一条
证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴，由人民法院按照国家规定标准代为收取。
当事人复制案件卷宗材料和法律文书应当按实际成本向人民法院交纳工本费。
《诉讼费用交纳办法》第二十九条
诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。
部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
共同诉讼当事人败诉的，人民法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
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